Da Vinci Kodens hovedkonspirasjonsteori er såvidt meg bekjent at Jesus var gift med Maria Magdalena, og at Leonardo Da Vinci malte inn flere skjulte budskap i maleriene sine. For å bruke bildet fra det siste måltidet Jesus spiste med sine disipler, så mener man at det som opprinnelig skal være Johannes Døperen er Maria Magdalena. Og han skal også ha malt seg selv inn i samme bilde.
Disse konspirasjonsteoriene blir avvist av kunsthistorikere og bibelhistorikere.